Empat belas tahun setelah Dampak Ketiga, Shinji Ikari terbangun di dunia yang tidak ia ingat. Dia belum tua. Sebagian besar Bumi diletakkan dalam reruntuhan, NERV telah dibongkar, dan orang-orang yang pernah ia lindungi telah berbalik menentangnya. Berteman dengan Kaworu Nagisa yang penuh teka-teki, Shinji melanjutkan pertarungan melawan para malaikat dan menyadari bahwa pertarungan masih jauh dari selesai, bahkan ketika itu bisa melawan mantan sekutunya. Perjuangan para karakter berlanjut di tengah-tengah pertempuran melawan para malaikat dan satu sama lain, berputar menuju apa yang pasti menjadi akhir dunia.